Bušenje i frakiranje troše velike količine slatke vode, a tu vodu vraćaju u visoko zagađenom stanju. Izrađena tekućina za lomljenje ili povratak protoka sadrži ne samo izvorne aditive (od kojih su neki kancerogeni ako se tijekom vremena konzumiraju u povišenim količinama), već i slane podzemne brine, kao i minerale izvedene iz formacije koji mogu uključivati toksične elemente poput barijera i radija. Unatoč bezbroj propisa o odlaganju, rukovanje i transport kontaminirane vode, aditiva i mulja neizbježno su naglašeni nesretnicima i nepažnjom. Pojave poput curenja cijevi, kršenih naseljenih ribnjaka, pa čak i namjernog i ilegalnog ispuštanja u rijeke i potoka povremeno bude bijes stanovnika, regulatora i anti-industrijskih aktivista zbog puštanja zagađivača u plovne putove.
U bazenima na jugu Sjedinjenih Država, gdje se bušenje nafte i plina gotovo stoljeće prakticira u velikoj mjeri, oporavljena fracking voda rutinski se transportira u postojeće bušotine za odlaganje i pumpa u formacije duboko pod zemljom. U novim područjima u kojima ne postoji infrastruktura za podzemno odlaganje, voda se obično dovodi kao i bilo koja druga industrijska otpadna voda u postrojenja za pročišćavanje. To postavlja pitanje odlaganja otpadnih voda. U većini slučajeva, tretirana otpadna voda otpušta se u površinske vode, dok još uvijek sadrže onečišćenja na podnošljivim razinama koje su postavili lokalni standardi zagađenja. Aktivisti za zaštitu okoliša napominju da se mnogi standardi ne bave nekim kemikalijama prisutnim u fracking vodi. Kao rezultat toga, oslobađanje čak i tretiranih otpadnih voda koja je uključivala frakiranje tekućine može ugrožavati život u vodenim ekosustavima. Djelomično kao odgovor na propise o okolišu, proizvođači plina razvijaju različite metode za liječenje i ponovno korištenje protoka iz operacija frackinga.
